在枪与钢铁的世界“Gun Gale Online”享受着单人游戏的女性玩家·莲。喜欢可爱事物的她，全身清一色的粉红色装备，不断累积游戏经验，并逐渐增强实力。之后，由于某件事而对于PK（玩家狩猎）觉醒了兴趣的莲沉迷于PK中，并终于到达被人称作“粉红恶魔”的地步。　　这样的莲，与神秘的美女玩家·Pitohui相遇，并和她意气相投。莲按照她所说的，参加了小队作战活动“特攻强袭”。

故事背景为架空世界“碧岛”，这座位于日本列岛西南方的岛屿，被财团改造成宏大华丽的白金牢笼。本作主人公是濑良垣苍叶（私市淳 配音），在旧住民区一家“平凡”商店里打工，犬型智能伴侣“莲”常伴其左右，好友红雀（高桥广树 配音）亦对其照顾有加。然而从以前开始，苍叶就一直忍受着原因不明的头痛。同时，岛内又开始流行起一种虚拟对战游戏——“莱姆”。一向对此毫无兴趣的苍叶，某天在送货路上，突然被一名神秘人物拉入了莱姆的异空间内，强制进行对战。头痛的日渐加剧，背负着的沉重过去；神秘人物连番登场，都市传说“神隐”再现，苍叶看似平静的生活，正悄然发生了变化。　　本动画改编自Nitro CHiRAL于2012年发售的一款BL向AVG游戏。

故事发生在太正三十年，帝国华击团花组的组长神山诚十郎（阿座上洋平 配音）出国公干，由天宫樱（佐仓绫音 配音）担任代理队长的职务，然而，神山的任期未满便突然返回小组中，还带回了一位名叫克拉拉（早见沙织 配音）的陌生少女。克拉拉隶属于莫斯科华击团，她所在的小组因为一场意外而全军覆没，克拉拉是其中唯一的幸存者。　　个性大大咧咧，宛如男生一般粗鲁的暴力巫女东云初穗（内田真礼 配音）、拥有超高智商的天才忍者望月蓟（山村响 配音）、身材高挑英姿飒爽男女通吃的帕尔玛（福原绫香 配音），花组的成员们齐心协力，试图调查莫斯科华击团覆灭的真相。

二十世纪初的日本太正时代，自明治维新以来的文明开化已进行了五十余年。　　随着西洋文化和日本传统文化的交汇融合，帝都·东京逐渐成为现代化建筑鳞次栉比，蒸汽铁道、地下铁道纵横交错，马车、人力车、蒸汽车川流不息的繁华都市。然而，这也是一座有着怪物和咒术等非现实存在的魔幻都市。　　为了对抗从地底出现的强大魔物“降魔”，陆军成立了由将校中的灵能者组成的特殊部队——对降魔部队，成员即“二刀二剑”的4位继承者：米田一基，持有 “神刀·灭却”；山崎真之介，持有“光刀·无形”；藤枝菖蒲，持有“神剑·白羽鸟”；真宫寺一马，持有“灵剑·荒鹰”。四人仅凭自己的血肉之躯和手中的神剑与魔物作战，史称“降魔战争”。激战的结果，陷入绝境的对降魔部队被迫使出最后的手段——利用“魔神器”发动“破邪之血”。魔神器即日本上古时代流传下来的三种祭器：剑、珠、玉，可以成为魔力的增幅器。继承真宫寺家“破邪之血”的一马，以自己的生命为代价用魔神器将降魔们封印，而山崎真之介也在此战中失踪……　　太正十一年，以妖僧天海为首的邪恶组织“黑之巢会”蠢蠢欲动。仇视近代文明的天海为了复辟德川幕府的统治，率领手下的死天王葵叉丹、弥勒、修罗、罗刹，操纵着利用古代咒法生出的魔物——魔操机兵在帝都展开了破坏活动。为了对抗这新的威胁、守护帝都和民众，在花小路伯爵的大力支持下，新的政府直属对降魔组织——帝国华击团（简称“帝击”）·花组成立了。在米田一基、藤枝菖蒲的领导下，花组集结了6名具备高灵力的少女：真宫寺一马的女儿、灵剑·荒鹰的继承者真宫寺樱；神崎财阀总帅忠义的孙女、精通神崎风尘流长刀术的神崎堇；俄国革命的勇士、曾有“食火鸟”之称的玛丽亚·橘；自幼就因超常的灵力被与世隔绝、年仅10岁的法国贵族千金爱丽丝；在辛亥革命的战乱中失去亲人、精通机械的中国少女李红兰；以及桐岛流空手的正统传人、身高近 2米的桐岛神奈。同时，基于山崎真之介留下的设计，由神崎重工完成了对降魔用灵子甲胄“光武”。以银座大帝国剧场为基地、平日以歌剧团面目出现来掩人耳目的花组，在魔物出现时就会变为守护帝都的战士，驾驶光武与敌人作战。　　太正十二年春，苦于战力及协作性不足的花组来了一位新队长——海军少尉大神一郎，《樱花大战》的故事也就从这里开始了……