五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼DavidDuchovny饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森GillianAnderson饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的毁灭。两名搭档决定彻查此事，但是神秘且难以抗拒的力量无时无刻不在阻挠他们追寻真相的脚步……本片为同名美剧的第一部剧场版。

空军设计了一种“猿类平衡台”，是一种模拟飞机。让受过训练已会操纵这种平衡台的黑猩猩接受辐射线照射，再看他们能不能操控这种平衡台。可是实验室中负责做此实验的一个年轻军官却日渐对其中一只黑猩猩产生了疼惜之情，而在这黑猩猩要接受辐射线照射之际，决心把它放走——当然，是在年轻美丽的女友协助之下完成。 　　在这出黑色喜剧中，CIA探员杰克•麦寇从专门训练猩猩打仗的邪恶实验室中，救出一只身怀武功的天才黑猩猩，使它逃过不人道的科学实验。 　　不甘心的实验室主人于是决定追回他的财产及他的犯罪证据。天才黑猩猩虽然才智过人，身怀忍者绝技，不过人类的邪恶以及它的死穴——充满诱惑力的香蕉，使他们处于下风，险遇不测。幸好杰克及猩猩遇到小男孩麦可的援助。一众追捕和逃难的人马从动物园游走至学校、游乐场和球场上，过关斩将，到处引起骚动…… 　　这部充满笑料、童趣、动作及冒险精神的电影，加入了功夫及惊险的元素，开创出一个另类的“动物”功夫片种。片中抢尽镜头的黑猩猩顽皮多计、敏捷醒目，造就了许多活力充沛、热闹混乱的搞笑场面。就好像球场上的一场戏，极尽娱乐性，黑猩猩的身手，让整个过程像上了快镜一样，令人开怀大笑。而喜欢动物的朋友，则一定更要留意了。尤其最近的市场上，除了纪录片或动画片中的动物外，有可观性的由动物参与的好电影根本乏善可陈。 　　这部适合全家大小欣赏的电影，除了在法国取景，大部分是在阳光普照的南加州圣地亚哥拍摄的，动物做秀及演员众多的场面不但挑战拍摄难度，更使得制作认真。演员马修•莫汀一改以往内敛含蓄的演绎手法，展现他利落的身手，放开怀抱地引领黑猩猩演出，努力功不可没，而且成功有目共睹。本片的音响效果及轻松富节奏感的配乐，更增加了电影的完美及娱乐性。

年轻的X教授查尔斯（詹姆斯·麦卡沃伊 James McAvoy 饰）和万磁王埃里克（迈克尔·法斯宾德 Michael Fassbender 饰）是一对志向相投的好朋友。他们最早发现了自己的超能力，并与其他几个变种人一起在CIA工作。引发埃里克超能力的纳粹战争贩子肖（凯文·贝肯 Kevin Bacon 饰）一直试图挑起核战争，而想方设法挑起美苏两国的矛盾。埃里克和查尔斯一直与肖手下的变种人战斗，努力阻止肖的阴谋。肖怂恿苏联引发古巴导弹危机，查尔斯和埃里克获知消息后，在海湾与肖手下的变种人拉开了对决的一战。最终，肖被查尔斯和埃里克合力消灭。可是，在这个过程中，埃里克逐渐被肖的政治观点影响，与查尔斯产生裂痕。通过海湾的这一战，埃里克和查尔斯最终决裂，一方变成支持人类与变种人和平共存的X教授；另一方坚持通过消灭人类换来变种人兴起的观点，自称万磁王......

所谓人生就是连续的分歧点，人生没有后悔药，更没有回头路，往往你觉得自己做了最正确的选择，可是一路走下来却发现谬之千里。能否重新来过？别开玩笑了，这种是一辈子别想，除非你遇到了那台“选择TAXI”。穿着整洁、帅气优雅的枝分（竹野内丰 饰）是一个貌似普通的出租车司机，然而他却可以自由自在地会转到人生的分歧点。作为出租车司机，他日常必然会见到各种各样的客人，爱情、友情、亲情、事业、理想，繁华大都市内奔波忙碌的人们，彼此心中有着难以排解的烦恼。挫折和打击接踵而来，让他们后悔不迭。 　　对他们来说，最幸运的事莫过于坐上枝分的出租车。这个神秘的司机将带他们回到命运的分歧点，重新作出一个截然不同的选择……

沿续上一季的剧情，穆德被印第安人朋友Albert Hosteen救了性命。X档案的编剧似乎有用不完的点子。这季内容包括了湖中水怪、能控制人意识的精神病患、唐人街上的纷争、二次大战时日本的人体实验等等。

X档案关闭后，穆德（DavidDuchovny大卫•杜楚尼饰）和斯科莉（GillianAnderson吉莲•安德森饰）被分开。穆德受命执行监听工作，斯科莉则回到学院读书。某日国会议员麦特森（RaymondJ.Barry饰）向穆德透露一条消息，称在波多黎各接收到外星人的电讯。为了在特种部队之前找到外星人的证据，穆德只身前往。得知消息的斯科莉赶到穆德住处，从电脑中的旅客名单中找到线索，尾随来到波多黎各。在波多黎各阿雷希伯，穆德偶遇一个当地人，并从他手里得到一幅外星人的画。但不久后此人便离奇死去。穆德最终能否找到外星人来访的证据？

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。

到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。今年仍是一贯过去的风格，但加入了许多穆德、史卡利个别的个人生活。穆德的另一资料来源-X在今年死亡。另外一重大发展则是史卡利发现自己患有癌症，住院治疗，病情虽稳定住，但仍有危险。本季也介绍了癌人的年轻时代，向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧，相信看过的朋友都知道。本季结束于穆德在从阿拉斯加调查回来后对生命厌倦，而举枪自杀。

Mulder在医院被Fowley监管着。他想办法请来了Skinner和Kritschgau来帮忙，他们了解到Mulder拥有了CIA一直在研究的读心术。Scully在象牙海岸寻找治愈Mulder的办法。Mulder的病情加重了。