这是一个围绕着小提琴、有关父与子的故事…这一次的敌人是以生命能量为食而生存的吸血鬼族中的Fungaia。与之战斗的人，便是在继承自父亲的工坊中制作小提琴的红渡。尽管依靠腰带的力量，他变身为假面骑士牙，但是对于自己为何能变身，为何不得不战斗，现在还尚未可知。然而，实际上，与Fungaia战斗的并非只有渡一个人。22年前，渡的父亲——音也已经从那时开始与猖獗的Fungaia战斗。故事一边将渡所在的现在、以及22年前——年轻的音也结婚并生下名为渡的孩子之前——紧密地联系起来，一边发展。22年前，音也未能铲除的Fungaia不断繁衍，并出现在现代的日本。渡化身为假面骑士牙，将其打倒，并以此形态将过去与现在相连。然而，存在的并不仅仅只是双眼所能看到的形态。在各个时代生存着的人们的命运，将会与怎样的形态相连呢？为什么Fungaia的出现，会威胁到人类的存在呢？身在其中的渡和音也所背负的命运又是…？各种各样的人物，生活在各种各样的时代，故事正在发展。知道这2个时代的人，只有2个…那就是将FungaiaHunter组织化的岛，以及22年前开始经营咖啡店「CoffeeMallDamour」的木户师傅。沉浮于2个时代的人们，掌握着他们命运关键的，是这2个人，还有父亲所留下的小提琴…！？

和平年代，继承了假面超人Kiva衣钵的少年红渡（濑户康史饰）进入森罗高中，展开了磕磕绊绊的校园生活。某天，一名仓皇落魄的逃犯闯入高中，此人名叫杉村隆（堀内健饰），是一个历经22年岁月未见衰老的奇怪之人。一阵混乱过后，杉村隆被两个疑似Fangire的怪人劫持。从假面骑士Rey白峰天斗（山本匠马饰）和名护启介（加藤庆祐饰）的口中得知，杉村不老的秘密极可能和22年前其亲手策划的劫持女子音乐家的事件有关，而这一切导致了最为恐怖的上古魔王Legendora的复活。为了阻止Legendora的阴谋，红渡穿越时空回到了1986年，并且见到了自己的父亲红音也（武田航平饰）。他与父亲试图改变历史，然而一切依旧朝着最糟糕的事态发展……

反塔罗斯军团袭击了银行，还偷走了电王的巴士，妄图统治全世界。为了打到恶徒，“电轨署”成立了，桃塔罗斯等人干劲十足地开始了调查。警视厅派来了铃木刑事负责此案，铃木是个很胆小的警察，让良太郎他们哭笑不得，但又不得不协助他的工作。一行人成功潜入反塔罗斯军团的秘密基地，不料中了机关，被困陷阱。侑斗侥幸逃了出来。而此时，反塔罗斯军团已经向国会议事堂发起了进攻。为了阻止他们，良太郎重披战袍。电王VS反电王，前所未有的壮阔大战拉开了帷幕……