《秦时明月之君临天下》是国产大型3D动画《秦时明月》的第五部， 蒙恬出击匈奴，秦皇东巡、焚书坑儒、蜃楼东渡 、修筑长城、建兵马俑。

故事发生在从近未来到两百年后的历史跨度上，地球文明被三体用一种叫做智子的超级科技锁死，基础研究因而停滞不前。但人类仍然需要在此基础上不断前进来抵御即将到来的三体人的进攻，守卫自己的家园和人类文明。在更广大的基础上，三体文明和人类文明都是黑暗森林下的猎手，小心翼翼的保护好自己并且清理别人，为文明的存续而挣扎。

故事发生在二千多年前的战国时期，秦始皇统一六国损兵达百万计，项燕兵败阵亡，少羽被困，高渐离、雪女、大铁锤赶来相救。兵败后，盖聂、墨家、项氏一族踏上逃亡之路。李斯进入儒家后，拜访先师荀子，荀子避而不见。同入儒家的少羽尊从法理少年老成，端木蓉由于被白凤所伤终日不醒，张良授计让天明与其对弈救木蓉。星魂对清秀的月儿产生浓厚兴趣反遭冷眼警告，月神把月儿带到东皇太一面前，东皇向她公布了自已的真实身世。少羽与天明观海时得知秦始皇要登临东海尽头的那座城市，暮色归途中又遇见流泪的石兰，交谈中少羽知道杀父仇人蒙恬来了，他该怎么办......

蓝原柚子（竹达彩奈 配音）是一名高中一年级的女生，外表看上去非常时尚的她，实际上却是一个内心里意外的天真，一点恋爱经验都没有的纯情女孩。由于家庭的原因，柚子进入了一所女子高中就读，这让柚子的心里非常不满，因为在这里，她能交到男朋友的概率简直微乎其微。　　刚刚入学的第一天，柚子便和学生会长芽衣（津田美波 配音）相遇了。芽衣是学校里公认的美人，无论是外表还是成绩还是家世都将其他的同龄人远远的抛在身后。柚子因为一场误会而对芽衣的影响极为糟糕，更糟糕的是，当她回到家里时发现，芽衣竟然成为了她的义姐，两人即将住进同一屋檐下。

公元397年，风景秀丽的张家界，以黑心虎为首的魔教放火烧山，荼毒生灵，欲抓森林之灵兽玉兽麒麟，妄图借喝麒麟的热血以增强内力，称霸武林。为了维护森林和平与安宁，虹猫的父亲联合蓝兔的母亲等七人，七剑合壁，最终大败黑心虎，但七剑也非伤即残。 五十年后，黑心虎带领魔教卷土重来。而唯一能阻止黑心虎的只有再次七剑合壁，但此时的七剑，除了虹猫父亲，其他六剑已分散隐居，去向不明。一场血战，虹猫父亲终因寡不敌众，英勇牺牲。少侠虹猫谨遵父亲遗命，肩负起拯救森林环境的重任，含愤下山去寻找其他六剑传人……

“红魔鬼”麦林的儿子麦当在地球上长大，他步入父亲后尘，决心找到被视为谎言的“彩虹海”，他依靠神奇力量突破邪恶组织“银河眼”设置的禁区，还邂逅了小星球国王咕咚。臣民因慑于炼丹师的阴谋，把咕咚变成兔子形状，可是他还是落入了炼丹师早已设置的圈套。麦当神勇地击败炼丹师，与咕咚驾飞船飞往彩虹海，可航线被星际联盟关闭，他们只好穿越死亡航线“魔鬼脚印”。历经艰险后，他们在天王星土著帮助下穿越冰雪迷宫，击败了强大的敌人，进入航行者遇难的雪流星。正当胜利在望之机，更大的危险出现了，太空海盗掳走了咕咚，海盗中还有功夫超群的英武少年米龙，麦当还能继续前进吗......