炎炎夏日，茂下町的烟花大会即将举行。就读于当地高中的及川奈砂（广濑铃配音）并未沉浸在愉快祥和的气氛之中，她即将随母亲（松隆子配音）搬家到另一个城市，心中满是失落。在某次即兴的游泳比赛时，奈砂击败同班同学岛田典道（菅田将晖配音）和安昙祐介（宫野真守配音）。随后她坦白喜欢祐介，希望烟花大会时能与对方一同游玩。可是祐介、典道随后卷入和朋友们关于“烟花到底是圆是扁”的争论中，大家约好当晚一起去某地见证。祐介因此爽约，而同样偷偷喜欢着奈砂的典道因此发觉了女孩的秘密和心思。他为此责怪好友，也渴望时光重来，迎得当初那场比赛……本片根据岩井俊二的同名电视剧改编。

1945年的桦太，江莲铁（吉永小百合）百般呵护地栽种着的樱树开花了，这是丈夫德次郎（阿部宽）从日本本土带回的种子，八月苏联入侵南桦太，铁与儿子们逃往北海道网走，寒天冻地裡过着难以温饱的穷困日子，铁始终守护着孩子并将他养育成人。时光流转，1971年，长大成人的次子修二郎（堺雅人）与妻子真理（篠原凉子）带着成功的事业从美国回到日本。久别重逢，修二郎却对于年迈而略显异样的母亲感到相当不安，此时深藏母子心中禁忌的记忆大门，即将被揭开。

夏日的一天，红发女孩玛丽（杉咲花 配音）被送到阿姨夏洛特所在的乡间小屋度假。初来乍到，玛丽对周遭的一切还不那么适应，特别是调皮男孩彼得（神木隆之介 配音）有意和她对着干，令玛丽实在高兴不起来。偶然一次的林间探险，玛丽见到了传说中的魔法之花“夜间飞行”，还找到了一柄破扫帚。偏偏这把魔法扫帚载着玛丽飞上天空，来到了专门培养魔法师的恩德学园。在这个神奇的所在，玛丽受到曼布勒切克女士（天海佑希 配音）的殷勤接待，还邂逅了怪模怪样的D博士（小日向文世 配音）。虽然女孩懵懵懂懂成为了魔法学员，可是他很快发现了这里所隐藏的秘密……