民国时期，发生了一场“异人世界”的重大骚乱，对后世影响深远，1944年，在四川深山突然出现一个奇怪的女孩——冯宝宝，为调查自己的身世和自己的长生不老之谜，许多年以后冯宝宝根据那场骚乱的罪魁祸首提供的信息找到了他的孙子张楚岚，从此张楚岚的生活被彻底颠覆，与冯宝宝一同踏上了“异人”之路。

飞弹伤无（赤羽根健治 配音）表面看来是一个非常平凡的男孩子，在姐姐飞弹怜悧（衣川里佳 配音）的安排下，他进入了战略防卫学园阿塔拉克西亚学习，这里生活的女孩们都拥有着各自的魔导装甲，希望能够通过学习如何操纵它们来成为一名合格的战士。

这是一个魔物和人类共存的世界，长久以来，魔物们都隐藏在黑暗中不被人类知晓，然而，“种族间交流法案”的颁布和实施让这个初看有些可怕但实际上人畜无害的种族走出了幕后，走入了人类社会。　　来留主公人（间岛淳司 配音）是一个性格温吞没有坏心眼的平凡男子，法案的颁布彻底改变了他平淡的生活。活泼开朗大大咧咧的半蛇人米亚（雨宫天 配音）、个性呆萌整日里迷迷糊糊的鹰身人帕皮（小泽亚李 配音）、高贵典雅重情重义的人马珊卓雷雅（相川奈都姬 配音）、存在感微弱有着双重性格的史莱姆族丝（野村真悠华 配音），这些可爱的人魔娘们接二连三的光临来留的家中，充满了欢笑的同居生活就此拉开序幕。

魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……! 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。

在平稳而乏味的乡村生活的少年·近卫刀太， 有着前往都市一展宏图的梦想。 为此，他每天都向养育了自己的亲人， 同时也是优秀的魔法使·雪姬发起挑战。 但，一边战斗一边和睦度日的两人面前出现的赏金猎人， 宣告了平稳乡村生活的终结。 这是，成为不正经者的人们的物语。

七濑武（宫野真守 配音）是一名看似十分淡漠，内心里也却是冷若冰霜的少年。曾经不堪回首的往事让他选择封闭自己的内心，不透露出丝毫的感情。虽然一直克制着自己的情绪，但七濑武又时时能够感受到内心里还在燃烧的火焰。一次偶然中，七濑武在校园里遇见了一名昏倒在地上的少女，善良的七濑武将少女带到了保健室，得知她名叫相羽六（东山奈央 配音）。　　让七濑武没有想到的是，他和相羽六的相遇彻底改变了自己的人生轨迹。相羽六在误打误撞之中将七濑武变为了魔法使。之后，七濑武的青梅竹马五十岛胡桃（濑户麻沙美 配音）、同班同学伊田一三（铃村健一 配音）和保健老师兵头七海等人纷纷拥有了能够使用魔法阵的能力。